Objašnjeno: Koje su varijante Covid-19 u Indiji i objašnjavaju li one porast?

Utvrđeno je da više od 320 uzoraka koronavirusa imaju britansku lozu u Punjabu. Objašnjava li to nedavni porast? A koliko su varijante Južne Afrike i Brazila raširene, osim ostalih u Indiji?

U trgovačkom centru u Puneu (Express Photo: Ashish Kale, File)

Utvrđeno je da ima više od 320 uzoraka koronavirusa iz Punjaba loza UK-a , referenca na novi soj virusa koji se pojavio u Velikoj Britaniji u prosincu, s genetskim mutacijama koje su mu omogućile brže širenje. Ovo je do danas najraširenija pojava varijante UK-a u indijskoj populaciji i mogla bi objasniti brzi porast slučajeva u Punjabu u posljednjih nekoliko tjedana.

bilten| Kliknite da biste dobili najbolja objašnjenja dana u svoju pristiglu poštu

U priopćenju vlade od srijede navodi se da je do sada utvrđeno da je 736 uzoraka iz cijele zemlje porijeklom iz Ujedinjenog Kraljevstva. Osim ovih, utvrđeno je da 34 uzorka imaju južnoafričku lozu, a jedan brazilsku. Južnoafrička i brazilska varijanta dva su druga dominantna soja koronavirusa koji kruže svijetom. Genetske mutacije u ove dvije varijante čine ih vjerojatnijim da izbjegnu ljudski imunološki sustav. Stoga postoji bojazan da bi sadašnja cjepiva mogla biti relativno manje učinkovita protiv njih, iako se to još uvijek istražuje.

Varijante u Indiji

Britanska, brazilska i južnoafrička varijanta nisu jedine koje trenutno kruže u indijskoj populaciji. Kao i svaki drugi organizam, i koronavirus neprestano mutira, a neke promjene u njegovoj genetskoj strukturi događaju se u svakom ciklusu replikacije. Većina ovih mutacija je beznačajna i ne mijenja opću prirodu ili ponašanje koronavirusa. No nekoliko njih, vjerojatno jedan od tisuća, može unijeti važne promjene, pomažući virusu da se prilagodi ili bolje preživi.

Tijekom ove epidemije pomno se prate tri vrste promjena - one koje povećavaju sposobnost virusa da se brže širi, one koje uzrokuju teže bolesti kod zaražene osobe i one koje pomažu virusu da izbjegne imunološki odgovor.

Britanska, brazilska i južnoafrička varijanta su takve vrste. Svaki od njih sada ima svoje obitelji, što znači da je bilo mnogo naknadnih mutacija u njima, ali s izvornom definiranom mutacijom koja je ostala netaknuta. Ove tri varijante obitelji, ili loze, pronađene su u više zemalja i uglavnom su odgovorne za porast slučajeva u Europi i Brazilu.

Osim ovih, u indijskoj populaciji kruži još nekoliko varijanti, onih koje imaju nastao lokalno kao i druge koje su donijeli putnici iz inozemstva. Ali ništa od toga nije klasificirano kao varijanta zabrinutosti.

U Indiji otkrivene varijante Covid-19

Britanska varijanta Covid-19 i problemi

Znanstvenici tvrde da se niti jedna od tri 'varijante zabrinutosti' - britanske, brazilske ili južnoafričke - ne može povezati s trenutnim porastom slučajeva u Indiji. Njihova razina rasprostranjenosti u zajednici za sada nije toliko visoka da bi im se sadašnji porast mogao pripisati.

Čak iu Punjabu, gdje se pokazalo da je 80% od 400 analiziranih uzoraka varijanta iz Ujedinjenog Kraljevstva, prerano je kriviti je za izniman porast slučajeva u posljednjih nekoliko tjedana. Rezultati sekvenciranja genoma sada su otkriveni, a potrebno je napraviti kliničku korelaciju kako bi se procijenilo jesu li oni odgovorni za porast slučajeva.

Kako su znanstvenici istaknuli, ako su ljudi zaraženi britanskim sojem u Punjabu svi putnici ili njihovi izravni kontakti, onda bi se njihove pojave mogle lako objasniti i ne predstavljaju preveliku brigu. Međutim, ako se nađe i kod ljudi u široj zajednici, postoji opasnost da se vrlo brzo proširi i na druge. To bi također značilo da se procedure izolacije i karantene koje se pridržavaju u državi, posebno za putnike, nisu baš striktno poštivale.

Nekoliko specifičnih mutacija pronađenih u britanskom soju, poput jedne pod nazivom E484Q i druge pod nazivom N440K, viđene su i u nekim drugim varijantama, a one kruže u indijskoj populaciji već nekoliko mjeseci. Trenutačno nema dokaza koji bi upućivali na to da je bilo koji od njih mogao dovesti do drugog porasta ili uzrokovati ponovnu infekciju pacijenata.

Međutim, potrebna su mnogo detaljnija znanstvena istraživanja kako bi se procijenio njihov utjecaj na širenje bolesti u Indiji.

Sekvenciranje genoma…

Indija ima drugi najveći broj ljudi zaraženih koronavirusom tijekom epidemije. Ali napravio je vrlo malo sekvenci genoma različitih varijanti u cirkulaciji. Do sada je izvršio analizu gena 19.092 uzorka iz cijele zemlje, navodi se u priopćenju vlade u Saboru prošlog tjedna. To uključuje sekvenciranje 10.787 uzoraka otkako je vlada u prosincu posebno za tu svrhu uspostavila INSACOG (indijski SARS-CoV2 konzorcij za genomiku). Mnoge druge zemlje, uključujući Sjedinjene Države i Kinu, analizirale su više od 100.000 genskih sekvenci.

Proučavanje genetskih promjena u organizmu važan je trag za razumijevanje podrijetla, prijenosa i utjecaja virusa na pacijente. Navedeni cilj INSACOG-a je sekvenciranje uzoraka iz najmanje 5% svih zaraženih slučajeva kroz mrežu od deset laboratorija. To trenutno izgleda kao vrlo težak nalog. Indija je do sada zabilježila preko 1,17 milijuna pozitivnih slučajeva. 19.092 uzorka koji su do sada sekvencionirani čine samo 0,16% tog broja.

PRIDRUŽITE SE SADA:Telegramski kanal Express objasnio

… i zašto je bilo sporo

Jedan od glavnih razloga za spor tempo sekvenciranja genoma bio je nedostatak sredstava. Do sada nije dodijeljen novac za INSACOG, iako su dužnosnici rekli da se odobrenje za sredstva sada očekuje svakog dana. Laboratoriji su koristili novac iz vlastitih godišnjih proračuna kako bi obavili posao sekvenciranja. Za ekstrakciju genske sekvence jednog uzorka potrebno je između 3000 i 5000 Rs. Trošak je uglavnom kemijskih reagensa koji su potrebni u procesu.

Također, države nisu proaktivno slale svoje uzorke u laboratorije na sekvencioniranje. Maharashtra, koja je do sada zabilježila više od 25.000.000 infekcija, poslala je samo oko 2.800 uzoraka na sekvencioniranje, prema vladinim podacima predstavljenim u parlamentu. To je samo oko 0,11% svih slučajeva. Kerala je poslala najveći broj uzoraka na sekvencioniranje, oko 5.200, ali Karnataka, koja ima usporediv broj slučajeva, poslala je samo 137 uzoraka. Tako niska stopa sekvenciranja genoma možda neće biti statistički značajna za donošenje zaključaka o promjeni prirode i ponašanja virusa ili u osmišljavanju odgovarajućih intervencija za suzbijanje širenja epidemije.

Ovaj se članak prvi put pojavio u tiskanom izdanju 25. ožujka 2021. pod naslovom 'Cracking the virus soj'.

Podijelite Sa Svojim Prijateljima: