Objašnjeno: Pet koraka za otkrivanje koronavirusa (COVID-19)

Proces je za The Indian Express objasnio dr. V Ravi, viši profesor i voditelj Odjela za neurovirologiju, NIMHANS.

Lažna krv se vidi u epruvetama označenim koronavirusom (COVID-19) na ovoj ilustraciji snimljenoj 17. ožujka 2020. (Reuters)

Dr. V Ravi, viši profesor i voditelj Odjela za neurovirologiju, NIMHANS, objašnjava proces otkrivanja koronavirusa ovu web stranicu . Evo pet koraka:

Prikupljanje i transport

Centar za testiranje uzima briseve iz nosnih šupljina i stražnjeg dijela grla (ždrijela) i stavlja uzorke u medij za prijenos virusa, koji sadrži uravnotežene soli i albumin kako bi se spriječilo raspadanje virusa. Uzorak se zatim transportira u hladno skladište u laboratorij za ispitivanje.

Ekstrakcija virusne RNK

Koronavirusi poput SARS-CoV (koji se pojavio u Kini 2002-03), MERS-CoV (koji se pojavio u Saudijskoj Arabiji 2012) ili trenutni SARS-CoV-2 koji je izazvao pandemiju COVID-19, imaju velike , jednolančani RNA genomi. Laboratorij za testiranje izdvaja RNA iz uzoraka, koristeći komercijalno dostupne komplete (kao što su oni koje proizvode tvrtke poput QIAGEN).

Stavljanje RNA u PCR mješavinu

Ekstrahirana RNA se dodaje u smjesu lančane reakcije polimeraze (PCR). To uključuje 'master mix' koji sadrži enzim 'reverznu transkriptazu' koji pretvara RNA u DNK. Master mix sadrži Taq polimerazu, enzim koji stvara kopije DNK, nukleotide, kao i druge elemente poput magnezija - čiji je ion potreban za pojačanje DNK.

PCR mješavina također sadrži 'reagense' kao što su 'primeri' i 'sonde'. Prajmeri su posebni lanci DNA koji su dizajnirani da se vežu s DNA koja se kopira; sonde se koriste za otkrivanje specifične sekvence u uzorku DNA. SZO je preporučio specifične primere i sonde za testiranje na COVID-19.

Konačno, PCR mješavina se sastoji od gena za održavanje kućanstva — normalnog ljudskog gena (RNase P) koji se koristi kako bi se osiguralo da su uzorci pravilno prikupljeni i RNA ekstrahirana.

Amplifikacija virusne DNK

Uzorak, u svojoj PCR mješavini, stavlja se u epruvete ili ploče, koje se zatim stavljaju u termocikler koji se koristi za provođenje PCR procesa.

Prvo, RNA se pretvara u DNK. Tada počinje proces kopiranja gena. Termalni ciklusni uređaj zagrijava i hladi smjesu s uzorkom, naizmjenično između tri temperature - za topljenje DNK kako bi se odvojila dva lanca, za pražnjenje da se veže na DNK i za sintezu novog lanca - sve u jednom ciklusu koji traje minuta. Termalni ciklus radi 30-40 takvih ciklusa kako bi pojačao DNK i provjerio ima li virusa.

Ispitivanje u odnosu na kontrole

Amplificirana DNK testira se na pozitivnu kontrolu, koja se obično sastoji od gena virusa kloniranih u plazmid, i negativne kontrole, što je 'poznati' uzorak koji je ranije bio negativan na virus.

RNaza P bi trebala pokazati pojačanje, pozitivna kontrola bi trebala biti pozitivna, negativna kontrola bi trebala biti negativna, a onda kakav god rezultat dobijete za uzorak, to je točan rezultat, rekao je neurovirolog dr. V Ravi. Kako bi test bio valjan prije objave rezultata, moraju biti ispunjeni određeni 'kriteriji valjanosti'.

Ne propustite iz Explained | Kako radi test na COVID-19

Ako je gen za održavanje kućanstva (RNase P) pozitivan, pozitivna kontrola pozitivna, negativna kontrola negativna i uzorak ne pokazuje nikakav PCR pozitivan rezultat, uzorak se proglašava negativnim na RNA virusa SARS-CoV-2. Ako je PCR rezultat pozitivan, pacijent ima COVID-19.

Podijelite Sa Svojim Prijateljima: