Objašnjeno: Zašto je nekoliko ljudi sa simptomima Covida negativni?

Mnogi ljudi sa simptomima Covid-19 bili su negativni. Postoji nekoliko vjerojatnih razloga, kao što su mutacije otkrivanja virusa koji bježi, kvaliteta uzorkovanja i testiranja te učinkovitost RT-PCR kompleta.

Testovi mogu poći po zlu u različitim fazama, od lošeg prikupljanja i pohranjivanja uzoraka do neispravne ekstrakcije i pojačanja. (Ekspresna fotografija: Vishal Srivastav)

Dok se Indija bori s neviđenom potražnjom za RT-PCR testovima, izvješća pokazuju da je do 20% simptomatskih pacijenata Covid-19 na testiranju negativno.

Ovaj očiti trend lažno negativnih rezultata može uskratiti prijem ozbiljnih pacijenata u bolnicu i kritičnu skrb, dok asimptomatskima dopušta da se kreću i šire virus. Trend je potaknuo stručnjake, uključujući direktora AIIMS-a dr. Randeepa Guleria, da preporuče liječenje Covid-19 za sve koji pokazuju klasične simptome, bez obzira na rezultate RT-PCR-a.

bilten| Kliknite da biste dobili najbolja objašnjenja dana u svoju pristiglu poštu

Zašto lažni negativi

RT-PCR testovi, koji se smatraju zlatnim standardom u dijagnozi Covid-19, ne bi trebali biti savršeni. Minimalna osjetljivost (sposobnost otkrivanja pozitivnih) koju zahtijeva Indijsko vijeće za medicinska istraživanja (ICMR) za validaciju RT-PCR testa je 95%. To znači da se očekuje do 5% lažno negativnih rezultata.

Dok anegdotski izvještaji sugeriraju da je udio lažno negativnih rezultata u porastu diljem Indije, još ne postoji studija koja bi to poduprla.

U teoriji, četiri široka čimbenika određuju točnost RT-PCR testa: virusno opterećenje kod osobe, kvaliteta prikupljanja i obrade uzoraka, učinkovitost samog testnog kompleta, kao i mjerilo za interpretaciju testa.

VIRALNO OPET: Obično se Covid-19 adekvatno manifestira do petog dana ciklusa infekcije. Testirano prije nakon izlaganja, zaražena osoba može biti negativna na Covid. To možda nije glavni čimbenik iza nedavnog lažno negativnog trenda jer određeni mutanti Covid-19 očito pokazuju rane simptome.

Brojni simptomatski pacijenti koji su bili lažno negativni u RT-PCR testovima kasnije su potvrđeni kao pozitivni na Covid u testovima bronhoalveolarne lavage (BAL) koji prikupljaju uzorke iz donjeg respiratornog trakta putem bronhoskopa. To je dovelo do pretpostavki da određeni mutanti zaobilaze gornje dišne ​​puteve kako bi ciljali pluća – scenarij koji može uskratiti RT-PCR test, na temelju uzorka prikupljenog iz nosne šupljine i grla, virusno opterećenje potrebno za točan rezultat.

EKSPLOZIJA KAPACITETA: Broj Covid testnih laboratorija u Indiji porastao je s 14 u veljači 2020. na više od 2400 u travnju 2021. Takvo brzo širenje zahtijevalo je odobrenje stotina laboratorija za RT-PCR testiranje i obuku tisuća tehničara u žurbi.

Kao mjera zaštite, ICMR je u srpnju 2020. naveo 30 laboratorija za kontrolu kvalitete kako bi provjerio sve laboratorije za Covid koje je odobrio. Od tada je dodano još 8 QC laboratorija. Međutim, izvori u više laboratorija u tri države rekli su da je obavljeno samo nekoliko inspekcija objekata i instrumenata.

U idealnom slučaju, mješavinu pozitivnih i negativnih uzoraka treba povremeno pokupiti iz svakog laboratorija radi ponovnog testiranja. Je li to ikada učinjeno? Da. Je li to učinjeno dosljedno? Ne, rekao je znanstvenik s ICMR instituta koji nije ovlašten razgovarati s medijima.

Pristupljeno za periodično laboratorijsko praćenje i podatke o usklađenosti kvalitete od srpnja 2020., ICMR i brojni QC laboratoriji su šutjeli.

LJUDSKI ELEMENT: Testovi mogu poći po zlu u različitim fazama - od lošeg prikupljanja i pohranjivanja uzoraka do neispravne ekstrakcije i pojačanja. Svi kompleti za RT-PCR uključuju internu kontrolu (IC) za zaštitu od scenarija kada se RNA ne ekstrahira/amplifikuje, što dovodi do lažno negativnog rezultata. IC može biti egzogena ili endogena. Egzogeni je kada se molekula umjetne RNA šablone doda svakom uzorku prije ekstrakcije RNA. Test se smatra nevažećim ako sintetička RNA nije otkrivena nakon ekstrakcije i ako je propisano ponovno ispitivanje. I, endogena kontrola koristi ljudski 'domaći' gen prisutan u uzorku; njegovo neotkrivanje nakon postupka ekstrakcije RNA poništava test.

Ljudski gen za održavanje također osigurava kvalitetu uzorka... Ali više od 75% RT-PCR kompleta na indijskom tržištu koristi jeftinije egzogene interne kontrole, rekao je molekularni biolog iz Mumbaija.

ICMR-ov SOP za RT-PCR iz travnja 2020. smatra da se egzogena kontrola za ekstrakciju može zanemariti jer neće odražavati kvalitetu prikupljenog uzorka. Preporuča se da se odvojeni RNase P ili bilo koji drugi ljudski gen za održavanje kućanstva... treba izvoditi paralelno u zasebnoj epruveti... (kako bi se) provjerila i kvaliteta prikupljenog uzorka i postupak ekstrakcije.

U svibnju 2020. mega natječaj koji je raspisao ICMR/HLL za RT-PCR komplete specificirao je slične zahtjeve. Brojni proizvođači su tvrdili da različite tvrtke koriste različite interne kontrole, uključujući one egzogene, koje su odobrile regulatorne agencije kao što su FDA i CEIVD, te da bi negativna selekcija na temelju gena za održavanje kuće obeshrabrila poštenu konkurenciju. Na kraju je natječaj revidiran kako bi uključio i endogene i egzogene opcije za unutarnju kontrolu.

VIRALNA MUTACIJA: RTR-PCR test cilja na specifično područje jednog ili više virusnih gena kako bi se otkrila njegova prisutnost. Test može dati lažno negativne rezultate ako se mutacija dogodi u segmentu procijenjenog genoma. Testovi koji koriste više genetskih ciljeva, poput onih koji se koriste u Indiji, manje su vjerojatno da će biti prevareni mutacijama.

Regulatori poput američke FDA rutinski nadziru utjecaj mutacija na RT-PCR testove Dok stručnjaci poput dr. Rakesha Mishra, direktora Hyderabadovog Centra za staničnu i molekularnu biologiju (CCMB), smatraju da bi ICMR trebao pokrenuti sličnu vježbu, to možda neće biti lako pratiti u stvarnom vremenu preko 200 RT-PCR kompleta odobrenih u Indiji protiv mutacija u nastajanju.

Kao prvo, niti jedan proizvođač nije (niti će) javno objavio detaljne sekvence koje su mu testiranja ciljala. Dok se podnose na validaciju ICMR-u, oni spominju samo ciljane gene, a ne slijed prajmera, rekao je viši istraživač u Ministarstvu zdravstva.

Do sada, međutim, postoji osnova za osjećati se prilično samopouzdano čak i u nedostatku bilo kakve provjere učinkovitosti u stvarnom vremenu. Do sada su varijante Covid-19 uglavnom imale mutacije gena S (spike protein). Većina kompleta ovdje koristi očuvana (nepromijenjena) područja meta, rekla je dr. Shanta Dutta, direktorica Nacionalnog instituta za koleru i crijevne bolesti (NICED), Kolkata.

Pad cijena

U jednoj godini cijena kompleta za RT-PCR pala je s više od 1100 Rs na ispod 40 Rs. Budući da je izuzeće od uvoznih carina povučeno u listopadu 2020., većina stranih marki napustila je indijsko tržište zbog dodatnog troška od 15%. Brojni indijski brendovi također odbijaju prodavati ispod 100 Rs. Mnogi su pronašli posvećenu korporativnu klijentelu kojoj ne smeta platiti malo više kako bi osigurali kvalitetu. Neki čak nude više PCR kompleta na različitim razinama cijena.

Iako to nitko ne govori u zapisniku, mnogi dovode u pitanje kvalitetu jeftinije konkurencije. Protugovor je da svaki testni komplet dostupan na tržištu zadovoljava ICMR mjerila za provjeru valjanosti i da svaki rat cijena u konačnici koristi potrošaču.

Međutim, nisu svi uvjereni. Odgovarajući pad cijene laboratorijskog testa je s 4500 Rs na 800 Rs. Osim toga, zna li netko tko posjeti njen lokalni laboratorij radi Covid testa koji se komplet koristi? Koliko će laboratorija potrošiti 100 Rs kada se mogu izvući korištenjem kompleta od 40 Rs? rekao je jedan od prvih indijskih proizvođača Covid PCR kompleta.

PRIDRUŽITE SE SADA:Telegramski kanal Express objasnio

The Ct vrijednost

RT-PCR test pojačava nukleinsku kiselinu ekstrahiranu iz uzorka kako bi se otkrila ona specifična za virus Covid-19. Pojačanje se događa u ciklusima s vrijednošću praga (Ct). Jasno, što je veća prisutnost/opterećenje virusa, to je niža vrijednost Ct ili broj ciklusa pojačanja potrebnih da bi se mogao otkriti.

ICMR je postavio vrijednost Ct na 35 za negativne rezultate. Osim toga, svaki trag potencijalno prisutan virusa smatra se zanemarivim, a uzorak se smatra negativnim na Covid.

No, određene su države poput Maharashtre nastojale proširiti granicu prihvatljivosti sugerirajući Ct vrijednost od 24. Kako bi to potencijalno isključilo velik broj ljudi s kvantitativno nižim, ali klinički značajnim virusnim opterećenjem, ICMR je ponovio svoj stav o vrijednosti Ct od 35 .

Međutim, malo je jasnoće ako sve države slijede istu Ct mjerilo. Prema riječima viših rukovoditelja najmanje dvije laboratorijske mreže s više država, primili su kontradiktorne i ponekad neopravdane usmene upute o takvim parametrima ispitivanja. Čak ni molekularni test nije imun na subjektivnu pristranost.

Podijelite Sa Svojim Prijateljima: